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课程培训
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GROMACS 培训课程
适用于分子模拟、计算化学、生物物理、生物信息等领域的新手和进阶用户。重点覆盖工具原理、基本操作、分子动力学模拟流程、分析方法和高效实践等内容，也可灵活根据领域需求调整。
第一天：GROMACS基础与标准分子动力学模拟流程 1. 培训导入与课程目标 GROMACS 简介与应用领域概览 与其他分子模拟工具（NAMD、AMBER等）的对比 培训目标与内容说明 2. GROMACS软件环境与基本操作 软件安装、配置和依赖环境（Linux/Windows/Mac） 常用命令和脚本基本用法 GROMACS文件体系结构与命名规则 3. 分子模型的准备 结构文件（PDB/XYZ）预处理与修正 使用pdb2gmx生成拓扑文件 力场（force field）介绍与选择（如amber、charmm、gromos等） 受体配体/蛋白/小分子体系准备要点 4. 模拟体系构建与溶剂化 构建模拟盒子（editconf） 溶剂化（solvate）、加离子（genion） 检查结构合理性与常见错误修复 5. 能量最小化与体系平衡 能量最小化操作（em.mdp参数含义） NVT/NPT 平衡模拟步骤及意义 常见 mdrun 选项与参数设定 日志（log file）、能量、轨迹等输出文件初步解析 6. 当日实操：从PDB到能量最小化 全流程动手指导：PDB处理→添加力场→溶剂化→加离子→能量最小化 学员问题解决与重点回顾 第二天：进阶动力学模拟、数据分析与高效实践 1. 分子动力学生产运行 配置与运行MD生产模拟（md.mdp参数详解） 多步长模拟、温控和压控常用方案 并行计算与性能优化建议（多核/多GPU） 2. 轨迹分析与结果解读 轨迹（trajectory）处理与格式转换（trjconv） 常用分析命令：RMSD（gmx rms）、RMSF、径向分布函数（gmx rdf）、氢键分析（gmx hbond）、二级结构（gmx do_dssp） 能量、温度、压力与密度等宏观参数分析 结果可视化工具（VMD、PyMOL、Grace等）介绍 3. 进阶模拟与特殊应用 多组分或大分子体系设置（如蛋白复合物、膜蛋白等） 小分子/配体参数化与工具对接（如ACPYPE、CGenFF） 常见问题及轻松排错方法 复现性与实验设计常见注意事项 4. 数据管理与自动化流程 输入/输出文件管理规范 批量模拟脚本与分析自动化（bash、python等简单示例） 典型高通量模拟方案介绍 5. 项目案例演练 分组完整实操：标准蛋白体系建模、动力学模拟及结果分析 小组/全体答疑与技能巩固 如果您想学习本课程，请预约报名
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