PyMOL 分子可视化与模拟结果分析培训课程

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• 培训对象：结构生物学家、计算化学家、药物化学研究人员、需要运用PyMOL进行分子结构可视化、出版级图像制作及分子模拟结果展示的科研人员。

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• 培训目标：

  1. 掌握PyMOL的图形界面操作与基本命令，能够独立加载分子结构并进行基础显示设置。

  2. 熟练运用PyMOL的高级显示功能（表面、静电势、透明度、卡通样式），制作专业分子图像。

  3. 掌握PyMOL的脚本编程与动画制作，实现批量处理与分子动力学轨迹的可视化。

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• 培训内容介绍：

  1. PyMOL界面导航：熟悉PyMOL的窗口布局（3D视图、外部GUI、内部GUI），掌握鼠标操作与视图控制。

  2. 分子加载与保存：加载PDB文件、多帧轨迹文件，保存会话、图像与分子坐标。

  3. 选择与操作：学习选择语法（sele），通过残基编号、链标识、原子名称等选择特定区域，进行隐藏、显示、着色。

  4. 显示样式：设置不同的显示样式（卡通、棍状、球棍、表面、点），组合使用突出结构特征。

  5. 颜色与透明度：应用预设颜色或自定义RGB值，设置表面透明度，创建多层次视觉效果。

  6. 测量与标注：测量原子距离、角度与二面角，添加文本标注与标尺。

  7. 静电势表面：加载APBS计算结果或使用内置泊松-玻尔兹曼求解器，生成并显示静电势表面。

  8. 配体相互作用图：显示配体与周围残基的相互作用（氢键、疏水接触、π-π堆积）。

  9. 多状态与比对：加载多个构象或同源结构，进行结构比对，显示RMSD与差异区域。

  10. 轨迹加载与动画：加载分子动力学轨迹（DCD、XTC），制作构象变化动画，导出为视频文件。

  11. 脚本编写：学习PyMOL的Python接口，编写脚本实现批量渲染、自动截图与重复性任务。

  12. 出版级图像输出：调整光线、阴影与抗锯齿，设置分辨率与输出格式（PNG、TIFF、POV），生成论文封面级图像。

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